济宁医学院前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，设医士、护士两个专业；1958年更名为济宁医学院，设医疗专业，招收四年制本科和三年制专科生;1959年全国院校调整改为济宁医学专科学校;1987年1月，经原国家教委批准，重新定名为济宁医学院，1997年以优异成绩通过了教育部本科教学合格评价。

学校现有9个二级学院：临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、信息工程学院、药学院、管理学院、继续教育学院；开设临床医学、预防医学、精神病与精神卫生、护理学、药学、药物制剂、口腔医学、医学影像学、康复治疗学、中西医临床医学、医学检验（卫生检验方向）、计算机科学与技术、信息管理与信息系统（医学信息方向）、应用心理学、人力资源管理（医药卫生方向）、劳动与社会保障（医疗保险方向）、市场营销（医药营销方向）等17个本科专业。现有省级重点学科4个：病理学与病理生理学、神经病学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学；省级特色专业1个：预防医学；省级教学改革试点专业1个：临床医学。

学校现有教职工1086人，专任教师706人，其中教授64人，副教授184人；具有硕士以上学位教师356人，占专任教师的50.42％。教师队伍中，有全国人大代表1人，全国劳动模范1人，全国“五一”劳动奖章获得者1人，全国优秀教师6人，享受政府特殊津贴专家7人，山东省劳动模范3人，山东省高校十大优秀教师1人，山东省教学名师4人，山东省专业技术拔尖人才1人，山东省优秀教师3人，山东省有突出贡献的中青年专家2人，山东省中青年学术骨干、学科带头人培养对象15人。基础医学教学团队被评为山东省高等学校省级教学团队。另外，聘任校外教师352人。

学校现有济宁和日照两个校区，占地总面积1124562平方米（1686亩），教学行政用房面积213862平方米，学生宿舍面积95462平方米，教学科研仪器设备总值9008万元，多媒体教室座位14629个，教学用计算机2238台，馆藏图书总量为157.7万册（含电子图书61万册）。学校拥有102个实践教学基地,其中直属附属医院1所，非直属附属医院9所。

学校面向全国16个省市、自治区招生。2007—2008学年，有全日制本专科在校生13039人，其中本科生11492人、专科生1547人。近三届毕业生年底就业率平均为88.89%。建校56年来，共为国家培养了4万4千多名医药卫生专业技术人才。

在近两次教学成果评选中，学校共获得国家级教学成果二等奖2项，省级教学成果奖8项,其中一等奖3项；现有省级精品课程4门，省级教学改革试点课程4门，山东省普通高等学校实验教学示范中心1个；“十五”以来，主参编教材105部，其中主编教育部普通高等教育“十一五”国家级规划教材3部，高等院校规划教材5部；学生在“挑战杯”科技竞赛活动中，共有24项作品90人次获得省级以上奖励。

学校设有山东省行为医学教育研究所等22个省级、厅（局）级、校级研究机构，其中山东省重点实验室3个：行为医学实验室、心血管疾病诊治实验室、职业卫生与环境医学实验室。近三年来，共承担厅局级以上科研课题143项，发表研究论文1065篇；主编教材、出版著作50部；获市厅局级以上奖励293项。中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，中华医学会行为医学分会主任委员和山东省行为医学会主任委员均由我校教授担任。学校主办的全国性核心期刊--《中国行为医学科学》和《济宁医学院学报》，面向国内外公开发行。

学校多次组团赴韩国、日本、英国、美国、加拿大、澳大利亚、瑞典和港澳台等国家和地区进行友好访问和学术交流，与澳大利亚南岸学院、美国俄亥俄州大学、瑞典卡罗林斯卡医学院等10余所国外高校和科研院所建立了合作关系。先后邀请30多名国际知名专家学者举办学术讲座，坚持每年聘请2－3名外国文教专家来校任教，对外交流与合作日益广泛和深入。

学校连续21年荣获山东省“省级文明单位”称号，还荣获“全国大学生社会实践活动先进单位”、“省级文明学校”、“省级文明校园”、“省级平安校园”“山东省大学生社会实践活动先进单位”、“山东省高校思想政治教育工作先进单位”、“山东省科技管理工作先进单位”、“山东省学生军训工作先进单位”、“山东省高校国防教育先进单位”等称号。